自97年3月1日起，遠東航空公司將退出「臺北—臺南」及「高雄－花蓮」航線經營、華信航空公司將停飛「臺中－臺東」航線

由於高速鐵路通車及東部鐵路運輸日趨完善，國內部分航線運量持續下滑，缺乏經濟規模；經考量陸路運具之替代性、便利性以及該航線市場競爭力等因素後，本局業報奉交通部同意業者退出旨述航線之申請，自97年3月1日起，遠東航空公司將退出「臺北—臺南」及「高雄－花蓮」航線經營、華信航空公司將停飛「臺中－臺東」航線。本局已請業者配合宣導及妥善處理相關事宜，以維消費者權益。
「臺北－臺南」航線目前由遠東及復興2家航空公司經營，自高鐵通車後，97年1月客運量較去年同期大幅衰減64%；「高雄－花蓮」航線目前由遠東及華信2家航空公司經營，96年平均載客率僅剩38%；「臺中－臺東」航線現由華信1家經營，96年載客率僅餘36%，空運市場已缺乏足夠客源。
依目前市場狀況、民眾需求及替代運具等因素綜合考量，「臺北－臺南」航線目前平均每日約8班往返（遠東航空公司每日僅飛航1班往返），尚有復興航空公司可提供服務；「高雄－花蓮」航線目前每日約2班往返（遠東航空公司僅於每週日飛航1班往返），華信航空公司仍將持續經營，遠東航空公司退出前2條航線經營，應對市場供給影響有限；至於「臺中－臺東」航線，目前高鐵「臺中－高雄」每日56班，臺鐵自強號「高雄－臺東」每日5班，如轉乘順利，「臺中－臺東」旅運時間3小時餘，票價合計僅1,260元，旅客仍可選擇搭乘。考量前述3條航線市場規模有限，為求航空資源有效運用及航空公司永續經營，本局已報奉交通部同意業者退出旨述航線之申請，並自97年3月1日起實施。惟為保障消費者權益，本局亦將請遠東航空公司及華信航空公司加強宣導，並指派專人於機場協助處理旅客相關權益問題，對於已購票旅客可辦理全額退票並免收手續費。